Thời Edo, vùng đất là thành phố Akita hiện nay là lãnh địa của các daimyō Ashina và Satake. Thành thị Kubota được xây dựng ở đây từ năm 1604.

Năm 1889 (năm Meiji thứ 22), Akita được thành lập và được hiện đại hóa.

Trong thời kì Chiến tranh thế giới II, ngày 14 tháng 8 năm 1945, thành phố Akita bị không quân Mĩ tàn phá nặng nề. 134 lượt máy bay B-29 đã oanh tạc thành phố từ nửa đêm tới tận sáng. 137 người đã bị giết chết.

Năm 1997, thành phố được công nhận là một đô thị trung tâm vùng. Tháng 1 năm 2005, hai thị trấn là Kawabe và Yuwa được nhập vào thành phố, khiến cho thành phố Akita trở thành đô thị trung tâm lớn nhất của vùng Tohoku.